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转染方法大致可分为物理介导（如电穿孔法、显微注射和基因枪等）、化学介导（脂质体及其代替物、磷酸钙等）和生物介导（各类病毒，包括腺病毒、慢病毒、逆转录病毒、腺相关病毒等）三类途径。
细胞转染又分为瞬时转染和稳定转染，瞬时转染是指外源基因进入受体细胞后，存在于游离的载体上，不整合到细胞的染色体上，基因表达维持时间较短，通常在96h以内；稳定转染是指DNA整合到宿主细胞的染色体中，使宿主细胞可长期表达目的基因。
目前，大多采用依据不同质粒载体含有的抗性标志选用相应的抗生素对靶细胞进行筛选，常用的抗生素有嘌呤霉素（Puromycin）、G418（Geneticin）等。
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