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光源、液流通路、信号检测传输和数据的分析系统是流式细胞仪的主要组成。目前临床中运用流式细胞仪进行外周血白细胞、骨髓细胞以及肿瘤细胞等的检测是临床检测的重要组成部分。
流式细胞技术（flow cytometry，FCM）是利用流式细胞仪进行的一种单细胞定量分析和分选技术。流式细胞术是单克隆抗体及免疫细胞化学技术、激光和电子计算机科学等高度发展及综合利用的高技术产物。
基本结构
流式细胞仪由三部分构成
1.液流系统，包括流动室和液流驱动系统；
2.光学系统，包括激发光源和光束收集系统；
3.电子系统，包括光电转换器和数据处理系统。流式细胞仪的工作原理是使悬浮在液体中分散的经荧光标记的细胞或微粒逐个通过样品池，同时由荧光探测器捕获荧光信号并转换成分别代表前向散射角、侧向散射角和不同荧光强度的电脉冲信号，经计算机处理形成相应的点图，直方图和加三维结构图像进行分析。
用于FCM的样本是单细胞悬液，可以是血液、悬浮细胞培养液、各种体液、新鲜实体瘤的单细胞悬液以及石蜡包埋组织的单细胞悬液等。
基本原则
1.使各种液体和悬浮细胞样本新鲜，尽快完成样本制备和检测；2.针对不同的细胞样本进行适当洗涤、酶消化或EDTA处理，以清除杂质，使粘附的细胞彼此分离而形成单细胞状态；3.对新鲜实体瘤组织可选用或联用酶消化法，机械打散法和化学分散法来获得足够数量的单细胞悬液；4.对石蜡包埋组织应先切成若干40-50um厚的蜡片，经二甲苯脱蜡到水后，再用前述方法制备单细胞悬液；5.单细胞悬液的细胞数不应少于10000个。
流式细胞技术的应用：
1.其测定细胞内DNA的变异系数最小，一般在2%以下；
2.能准确地进行DNA倍体分析；
3.借助于荧光染料进行细胞内蛋白质和核酸的定量研究；
4.快速进行细胞分选和细胞收集；
5.医学应用：免疫功能研究各种干细胞的检测，癌症病人的多药耐药性，细胞功能及代谢动力学研究，血小板分析（心血管疾病），流式细胞术与分子生物学研究；
6 应用于外周血内皮细胞测定、调节性T细胞等尖端领域。
发展趋势：
当前，临床流式细胞分析已成为检验医学发展的一个热点，其发展趋势主要体现在以下几个方面。
一．从相对细胞计数到绝对细胞计数
流式细胞分析最大的优点是对混合细胞群体中亚群细胞的计数，如淋巴细胞可依其表面标志的不同分为T淋巴细胞（CD3+）、B淋巴细胞（CD19+）、NK细胞（CD16+56+/CD3-），T淋巴细胞又可进一步分为辅助/诱导T淋巴细胞（CD3+CD4+CD8-）和抑制/细胞毒T淋巴细胞（CD3+CD4-CD8+）等。这些亚群细胞计数过去多以相对百分比表达结果，由于百分比只能代表每种细胞在混合细胞群体中所占的比例，并不能体现其在单位体积血液中的绝对数量，而对艾滋病等一些疾病的临床诊断，有时需要考虑细胞的绝对数量，如患者血液中T辅助/诱导细胞（CD3+CD4+CD8-）的数量<200个/μL，而未发病（仅有HIV感染）者的数量>200个/μL。T淋巴细胞亚群的绝对计数在国外实验室早已成为常规检查，但在国内仅有少数实验室开展。可以预见，随着干细胞技术的发展，对造血干细胞等的绝对数量分析，不久的将来，也将作为常规检查项目，走出实验室进入临床。
流式细胞绝对计数在临床可开展的项目包括：①淋巴细胞亚群，尤其是T淋巴细胞亚群的绝对计数。②外周血或骨髓中造血干/祖细胞的绝对计数。③血液中网织红细胞的绝对计数。④血液中血小板数量，尤其是血小板减少症患者血小板的绝对计数，此种计数优于血细胞分析仪法，已成为血小板计数的国际推荐参考方法。此外，可能出现在血液中的其它一些稀少细胞（如内皮细胞、转移的肿瘤细胞等）的计数，也将发展为流式细胞绝对计数。流式细胞绝对计数的开展对临床疾病的诊断、治疗等有重要意义。
二．从相对定量到绝对定量分析
细胞的多种成分如某些抗原或受体表达的流式细胞分析，以前多以平均荧光强度（MFI）或相对荧光强度（RFI）表达其含量。由于流式细胞仪每次的仪器状况可出现差异，每个实验室所用仪器的类型也不尽相同，因此，以MFI或RFI表示细胞抗原或受体的表达量缺乏可比性，虽然流式细胞仪有极高的荧光灵敏度，但却无法准确应用这些信息。近年来，为了通过FCM精确定量分析细胞的某些成分，定量流式细胞术（Quantitative Flow Cytometry，QFCM）逐渐得到发展，其定量分析原理主要有两种：①定量抗体微球法：在特制的微球上包被已知分子数的羊抗鼠IgG分子，再将包被不同分子数的微球混合，形成含不同羊抗鼠IgG分子数的混合微球，此微球与待测标本在相同条件下与荧光素标记的单克隆抗体（McAb）反应后在流式细胞仪上测定其荧光强度，根据微球上所包被的羊抗鼠IgG分子数和与之对应的对数荧光强度计算回归方程，再将待测样本中阳性细胞的对数荧光强度代入方程即可求得其每个细胞上的平均抗原分子数（抗原结合位点数）。②定量荧光素分子微球法：在特制的微球上直接包被荧光素分子，再将包被不同分子数的微球混合，形成含不同数量荧光素分子的混合微球。在流式细胞仪仪器设置相同的条件下测定此微球及待测细胞的荧光强度，根据微球上所包被的荧光素分子数和与之对应的对数荧光强度计算回归方程，再将待测样本阳性细胞的对数荧光强度代入方程，可求得每个细胞上的平均荧光素分子数，根据用于样本测定的单克隆抗体（McAb）与荧光素结合的分子比例，计算每个细胞上的平均抗原分子数。单细胞的抗原或受体定量是流式细胞分析的重要进展，为细胞的生物学、分子生物学、生物化学及免疫学等研究提供了更精确的方法。例如，白血病原始细胞膜的CD45分子表达量低于正常淋巴细胞，活化血小板膜CD62P、CD41分子数显著高于静止血小板，活化淋巴细胞的CD69分子数显著增高，活化中性粒细胞膜CD64分子数显著高于静止中性粒细胞，强直性脊柱炎患者T淋巴细胞膜HLA-B27分子数明显增高。CD8+T淋巴细胞膜的CD38分子数增高是慢性HIV感染者病情发展或死亡的更有力的预后指标；AIDS治疗有效后，CD8+T淋巴细胞CD38分子数显著降低。
三．从单色到多色荧光分析
流式细胞分析已从最初的间接免疫荧光染色、单色或双色直接荧光染色，迅速发展到三色、四色甚至五色或六色荧光分析，使得对细胞亚群的识别和分选、细胞功能评价等更为精确。目前，淋巴细胞亚群的分析、白血病免疫表型分析，均应使用至少三色以上的荧光分析才更可靠。例如：辅助/诱导T淋巴细胞四色荧光分析的免疫表型为CD3+CD4+CD8—CD45+，慢性淋巴细胞白血病的异常淋巴细胞的四色免疫表型为CD5+CD10—CD19+CD45+。多色荧光分析是流式细胞技术发展的必然趋势，有条件时应尽可能地采用。
四．从细胞膜成份到细胞内成份分析
细胞膜免疫表型分析是最重要的流式分析内容之一，很多细胞亚群的检测和分选均是以细胞膜的免疫表型特征为依据，如T、B淋巴细胞和NK细胞分析、白血病免疫分型等。然而，仅有膜免疫表型的分析是不够的，尤其对一些细胞的系列鉴定和功能状态分析常常较为困难，而细胞浆或细胞核内成份的分析则更能反映某些细胞的系列特征和功能变化。随着近年来细胞内成分检测技术的不断完善，细胞内成分检测已成为流式细胞分析的又一个热点。例如，急性髓系白血病性原始细胞浆中检测到髓过氧化物酶（MPO）是最为准确的系列标志，急性B淋巴细胞白血病性原始细胞胞浆中检测到CD79a是最为特异的系列标志；检测T淋巴细胞胞浆内细胞因子合成的种类及含量和膜CD69分子表达，是判断T淋巴细胞活化及其功能的重要手段，而且还能将辅助/诱导T淋巴细胞（Th）进一步分成Th1和Th2亚类，在Th1和Th2细胞浆中可分别合成γ-干扰素（IFN-γ）、白细胞介素-1（IL-1）和IL-4、IL-5、IL-10。通过细胞内成分检测技术与多色免疫荧光分析方法相结合，可检测不同细胞亚群合成的不同细胞因子（Cytokine），如用五色疫荧光分析血液中淋巴细胞经诱导剂刺激后，辅助/诱导T淋巴细胞亚类—Th1细胞内有细胞因子合成的免疫表型为CD3+CD4+CD8—IFN-γ+IL-1+。
五．液体中可溶性成分的流式细胞分析
从传统意义上讲，流式细胞技术只能分析细胞及其成分，液体中的可溶性成分则不能进行分析。然而，如果将液体中的可溶性成分结合在一种类似于细胞大小的颗粒（如乳胶颗粒）上，流式细胞仪便可以对其进行分析，这就是近年来发展起来的流式微球分析（Cytometric Bead Assay，CBA）技术。CBA的原理是将包被某种抗原或抗体不同大小的微球与待测液体中的相应成分反应形成抗原与抗体的复合物，再加入荧光素标记的第二抗体，微球上结合的待测抗原或抗体分子数量与其荧光强度呈线性关系，由此可对待测液体中与微球上包被抗原或抗体分子相对应的成分进行定性或定量分析，例如同时测定血清或细胞培养液中的多种细胞因子，同时测定血清中多种自身抗体。CBA发展的时间虽很短，目前所能检测的项目还不多，但其发展潜力不容忽视。已知检测细胞因子的方法有多种，包括靶细胞功能分析法、酶联免疫吸附试验（ELISA）、斑点酶免疫分析（Elispots）等，但CBA与之相比，其灵敏度极高、可达2pg/ml，而且能同时测定单个标本中的多种细胞因子。
六．分子表型分析
分子表型分析（Molecular Phenotyping）是指用流式细胞技术检测细胞中特异性核酸序列或特异性基因异常。流式分子表型分析与免疫表型分析技术相结合，为所选择细胞亚群的特异性核酸序列（如癌基因、病毒核酸等）检测提供了一种非常有用的工具，具有广阔的应用前景。流式分子表型与免疫表型分析结合的基本技术路线是：①待测细胞首先与特异性细胞亚群的单克隆抗体反应，②固定并渗透细胞，③通过PCR进行引物特异的核酸序列扩增，④应用对扩增产物的特异性寡核苷酸荧光素标记探针进行荧光原位杂交（FISH），⑤加入针对细胞亚群单抗的荧光素标记的第二抗体。⑥流式细胞仪检测及数据分析。例如，流式细胞免疫表型与聚合酶链反应及荧光原位杂交（PCR-FISH）结合测定血液CD4+细胞中HIV特异的DNA或RNA，对于AIDS的病程监测、治疗反应以及预后等具有重要价值。
流式荧光原位杂交（Flow-FISH）法可测定染色体端粒长度。细胞的染色体端粒是由2~20Kb串联的短片段重复序列(TTAGGG)n和一些结合蛋白组成，端粒长度越长，所含重复碱基数目越多；用荧光素标记的核酸-(CCCTAA)3端粒序列特异性探针进行FISH后，端粒的长短可以流式细胞仪检测到的荧光强度的高低反映出来；Flow-FISH测定精度可小于3Kb的端粒长度差，对肿瘤的发生与发展、治疗与预后等的研究有一定价值。
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