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菌落计数仪是一种帮助实验人员对菌落进行计数的仪器，可以减轻实验人员的劳动强度，提高工效，提高工作质量，是各级防疫站、环境监测站、食品卫生监督检验所、医院、生物制品所、药检所、商检局、食品厂、饮料厂、化妆品厂、日化厂及大专院校、科研单位实验室等的必备仪器。
半自动菌落计数器
菌落计数器是一种数字显示式自动细菌检验仪器。由计数器、探笔、计数池等部分组成，计数器采用CMOS集成电路精心设计，LED数码管显示，字高13mm，清晰明亮，配合专用探笔，计数灵敏准确。黑色背景式记数池内，荧光灯照明，菌落对比清楚，便于观察。
对于精确度要求不高的用户，可以考虑手动的或者半自动的菌落计数器。手动的价格比较便宜，市场价大约都在800-1200元，稍微好点的，是半自动的带有语音读报功能的，放大倍数在3级以上的，市场价要2500元左右，这种已经能够满足大多数用户的计数要求。而对于要求较高的预算充足的用户而言，具有全自动技术功能且带有菌落分析、测量、分类等的全自动菌落计数/分析仪更能符合他们的需求。
全自动菌落计数/分析仪
全自动菌落计数仪 [1] 因其使用的自动化程度高、分析结果可核对、样品信息可留存等，已逐渐被越来越多的科研院所、卫生疾控部分所喜爱。全自动菌落计数仪采用成像分析法实现自动计数，即由【成像硬件+分析软件】所组成。
成像硬件用于获得清晰有效的菌落图像，以便分析计数。成像硬件有拍照成像、扫描成像。由CMOS加摄像头拍照成像的优点是：成像速度快，能展现培养基表层和深层的细微菌落。确保在0.5秒内获得菌落图像。由单反相机、卡片机拍照成像的优点是：能自动对焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的时间。拍照成像的一个难题是光源产生的光斑干扰，对于这个问题国内一家公司，通过对仪器照明系统进行精密的设计，上下光源采用了宽光带的LED柔光系统，并结合独创专利“悬浮式暗视野” [2] 成像系统，不仅能够消除玻璃培养皿的折射光斑，而且通过改变光比，使得菌落表面的皱折、凹陷、边缘的锯齿更富立体感。
扫描成像与在灯箱中营造均匀面光源不同，是将线光源通过移动变成面光源的，光线强度相对比较均匀，其均匀度通常比拍照灯箱的面光源要高一个数量级，从成像硬件的上解决了菌落目标的亮度不匀问题，但扫描只是平面的效果，不能展现培养基表层和深层的细微菌落，且不能展现菌落颜色等多方面的情况，对于观察分析而言构成了一定难度。
软件主要功能
软件功能解析
分析软件是全自动菌落计数仪的另一块核心成分。因为菌落生物的存在多样性，在培养基上的表现或显像不可能大体一致，针对这类变化，在分析软件选型上要考虑，市场上的一些产品的软件功能主要有一下几个方面：
图像处理：图像调节(灰度图、负相图转换、对比度、RGB分割...)、图像增强...
图像编辑：文字嵌入、图形嵌入
统计功能：菌落智能识别技术（很重要）、区域选择统计、直径分类统计、鼠标单击计数、颜色识别统计、人 工计数修正、排除污染区域计数、自动换算功能、自动杂质剔除、粘连菌落分割、菌落形态学分析、多通道分割...
测量功能：自动分析菌落直径、面积等精确测量长度、角度、面积等
数据管理：数据自动存储、查询、Excel导出报表打印、数据库权限设置
高级功能：抑菌圈测量、纸片法药敏分析、多培养皿统计、螺旋平皿统计
对于科研、质检部门在菌落仪的要求上也越来越高，一些高端产品的软件功能应该能够满足客户的需要，但是对与一些特殊实验应用面来说，在功能上还有待加强。除软件功能，另外一点也不得不提，那就是操作。人们越来越讲究人机结合的舒适性，讲究产品功能的强大和操作的简单化成反比。对用用户来说才算是真正解放。
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