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重组蛋白疫苗是将病毒的靶抗原基因构建在表达载体上，将构建的表达蛋白载体转化到细菌、酵母或哺乳动物或昆虫细胞中，在一定的诱导条件下，大量表达抗原蛋白并纯化而制备的疫苗。重组蛋白疫苗的优点有稳定、长期、多重免疫、抗变异、多价疫苗等。具体如下：
1.稳定：易于保存和运输，并且易于使用。而且制备简单，易于大规模生产，成本低廉。对于剧毒和危险的病毒，以及难以提取抗原的疫苗，基因疫苗的制备相对安全，也容易得多。
2.长期：在宿主体内长期存在，抗原基因在宿主体内持续表达产生抗原蛋白，持续刺激机体免疫系统产生远程免疫，免疫效果可靠。
3.多重免疫：不仅能产生体液免疫应答，还能导致细胞毒性T淋巴细胞的活化，诱导细胞免疫。而传统疫苗中只有活疫苗能诱导细胞免疫，但存在活疫苗毒力再次上升的危险。
4.抗变异：利用核心蛋白的保守DNA序列制备的重组蛋白疫苗，可以对病原体(细菌或病毒)的所有变异亚型产生免疫应答，从而避免了病原体变异带来的免疫逃逸问题。
5.多价疫苗：因此一个蛋白重组疫苗可以预防多种疾病。
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