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根系分析仪按成像方式不同，可分为对原位根系图像的分析仪，以及对洗根后的根系图像分析仪。一般都要求可分析根系的长度、直径、面积、体积、根尖数、分叉数、根交叉数等。专业些的根系分析系统，还可分析植物根系的主侧根拓扑形态关系、连接关系，以及根尖部位的色彩变化，以便进行根系形态和构造研究。最新的根系分析系统应具备大批量图像的全自动分析特性，用户可对自动分析结果进行局部的交互编辑修正，以确保数据的科学性。
对原位根系图像，因根系与土壤的颜色可能非常接近，故国内外均采用图像中根系目标的自动增强后，以交互引导的方式进行标记分析的。
另外，还有引入分形维数，以及直方图投影来进行根系整体生物量分析的。根系分析的最新技术还可分析根瘤菌体积在根系中的占比，以客观确定根瘤菌体的贡献量。
测量项目：
普通的根系分析系统，通常包含以下基本参数：
1、根总长；
2、根平均直径；
3、根总面积；
4、根总体积；
5、根尖计数；
6、分叉数；
7、交叉数；
8、根直径等级分布参数；
9、可不等间距地自定义分段直径，自动测量各直径段长度、投影面积、表面积、体积等，及其分布参数；
10、根尖段长分布。
功能特点：
1.图片预处理功能
1.1二值化：在目标和背景比较相似时，调整阈值来凸显目标轮廓。
1.2杂质剔除：设定一个像素值后，软件自动剔除图片中小于该像素的独立点，以保证分析不受杂质影响，更为准确。
1.3自由选择目标区：分析根系的某一部分。
2.辅助测量功能
2.1放大缩小：放大缩小图片以便对根系局部进行观察和调整。
2.2自动标定：用户输入扫描像素后，软件自动换算实际长度。
3.保存图片、数据导出及追加
3.1保存图片、数据导出：将图片或数据导出至指定文件夹。
3.2数据追加：将该条数据追加至指定文件下方。
4.大批量全自动分析：
打开多张图片后，自动进行分析，并显示分析进度，分析完成后自动导出至固定文件夹。
5.原至初始图片：
在图片进行分析或操作后，将图片还原为刚打开时的状态。
6.手工校正分析结果：
合并分叉、删除连接、合并根尖、断开连接、毛刺去除
不同形态根系对土壤水分的影响：
土壤水分入渗是陆地生态系统水分循环、水分利用、水土保持功能得以顺利实现的重要前提，其特性极大地制约着地表径流、土壤流失、降雨-径流响应、地下水补给等诸多生态水文过程。除了入渗量，水分运移行为也对土壤水分的分布格局、储存能力起着至关重要的作用。影响土壤水分运移行为（优先流和基质流）的因素有土壤质地、孔隙结构、大裂缝、植物根系、耕作方式、地膜残留物、动物穴道等。而关于腐根系、老根系、新生根系对水分运移行为的影响已有大量报道，但有关不同形态根系对土壤水分入渗运移行为的影响的相关研究仍较为缺乏。
植物根系通过生长活动增加了它们与土壤基质之间的非毛管孔隙，为土壤水分的有效传输（导水率提高所致）、高效储备（非毛管孔隙增多所致）打下了基础。因此，从这个角度而言，森林生态系统遍布土壤层中丰富多样的根系形态是其发挥强大生态水文功能、水土保持效应的重要保障。此结果也为营造固土保水的“环境友好型”复合人工林提供了重要参考。
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